1. Клетъчен лизис и денатурация на протеини
В началния етап на извличане на плазмидна ДНК клетките трябва да бъдат лизирани, за да освободят ДНК вътре. Този процес обикновено се постига чрез използване на високи концентрации на соли, детергенти или ензими. В този процес основната роля на Tris е да поддържа рН на разтвора стабилно, като по този начин защитава ДНК от киселинната среда, генерирана по време на процеса на лизис. В допълнение, Tris може също да помогне за изолиране на ДНК от лизати чрез свързване и денатуриране на протеини.
2. Разтваряне и стабилизиране на ДНК
След клетъчен лизис, плазмидната ДНК трябва да бъде лизирана и изолирана от други клетъчни компоненти. Този процес обикновено се постига чрез използване на висока концентрация на сол или детергент. В този процес основната роля на Tris е да осигури подходяща йонна сила и pH среда за насърчаване на разтварянето и стабилизирането на ДНК. Хидроксилните и аминогрупите на Tris могат да образуват водородни и йонни връзки с ДНК молекули, които стабилизират структурата му и предотвратяват разграждането му. В допълнение, Tris може допълнително да защити ДНК от разграждане чрез инхибиране на активността на нуклеазите.
3. Пречистване и възстановяване на ДНК
След като плазмидната ДНК е изолирана от лизата, често са необходими серия от етапи на пречистване за отстраняване на остатъчни протеини, РНК и други примеси. Тези стъпки включват екстракция с фенол/хлороформ, утаяване с етанол и т.н. В този процес основната роля на Tris е да поддържа рН на разтвора стабилно, като по този начин защитава ДНК от киселинната или алкална среда, която може да възникне по време на пречистването. В допълнение, Tris може също да помогне за възстановяване на чиста плазмидна ДНК от разтвор, като се свързва с примеси и им позволява да се утаят.
